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蛋白质质谱（"mass spec" 或 MS）鉴定的基本原理是蛋白质经过酶切消化成肽段混合物，在质谱仪中肽段电离形成带电离子，质谱分析器的电场、磁场将具有特定质量与电荷比值（M/Z）的肽段离子分离开来，经过检测器收集分离的离子，确定每个离子的M/Z值。经过质量分析器可分析出每个肽段的M/Z，得到蛋白质所有肽段的M/Z图谱，即蛋白质的一级质谱峰图。离子选择装置自动选取强度较大肽段离子进行二级质谱分析，输出选取肽段的二级质谱峰图，通过和理论上蛋白质经过胰蛋白酶消化后产生的一级质谱峰图和二级质谱峰图进行比对而鉴定蛋白质。

MS已经在包括蛋白质组研究和药物开发等在内的广泛领域和应用中成为强有力的分析方法。近20年高通量操作和定量蛋白质组MS流程的演进，使我们对蛋白结构、功能、修饰、生物整体蛋白质动力学有了更为开阔的理解和认识。

蛋白质组不断扩张的研究领域包括了多种独特的需求，尤其是对用于质谱（MS）的特异性试剂的需求。默克生命科学理解并满足了用户在整个工作流程中对质谱的各种需求：

1.对于常规MALDI MS 校准，提供ProteoMass™ MALDI Calibration Kit、单独的高度纯化ProteoMass™ MALDI基质，以及多种公认的经验证合格的MALDI MS 标准品

2.默克旗下Sigma胰蛋白酶系列在业内首屈一指。蛋白质组级别的胰蛋白酶保障了出色的序列覆盖度，同时消除了模糊的自溶性MALDI 峰。Trypsin Profile IGD kit 可实现从PAGE 直接到MALDI 的进行快速高效完善的消化过程

3.Protease Profiler 提供了4 种经验证的蛋白酶，可代替胰蛋白酶，进行MS 前的蛋白质消化步骤

4.ProteoMass Guanidination Kit则显著提升了MALDI MS的灵敏度

5.通过最近与ABSciex的合作，默克现在提供了一系列标记化学方法以用于定量蛋白质组学，其中包括ICAT®、iTRAQ®、mTRAQ® 以及CYP450 试剂盒等